! When using this topology, make sure you've included the required parameters ! (see http://swisssidechain.ch/MD/charmm.html) RESI ALC 0.00 ! 3-cyclohexyl-alanine GROUP ATOM N NH1 -0.4700 ATOM HN H 0.3100 ATOM CA CT1 0.0700 ATOM HA HB 0.0900 GROUP ATOM CB CT2 -0.1800 ATOM HB1 HA 0.0900 ATOM HB2 HA 0.0900 GROUP ATOM CG CT1 -0.0900 ATOM HG HA 0.0900 GROUP ATOM CD1 CT2 -0.1800 ATOM HD11 HA 0.0900 ATOM HD12 HA 0.0900 GROUP ATOM CD2 CT2 -0.1800 ATOM HD21 HA 0.0900 ATOM HD22 HA 0.0900 GROUP ATOM CE1 CT2 -0.1800 ATOM HE11 HA 0.0900 ATOM HE12 HA 0.0900 GROUP ATOM CE2 CT2 -0.1800 ATOM HE21 HA 0.0900 ATOM HE22 HA 0.0900 GROUP ATOM CZ CT2 -0.1800 ATOM HZ1 HA 0.0900 ATOM HZ2 HA 0.0900 GROUP ATOM C C 0.5100 ATOM O O -0.5100 BOND CB CA N HN N CA C CA C +N CA HA DOUBLE O C BOND CG CB BOND HB1 CB BOND HB2 CB BOND CE1 CD1 BOND CG CD1 BOND CE2 CD2 BOND CG CD2 BOND CZ CE1 BOND CZ CE2 BOND CG HG BOND CD1 HD11 BOND CD1 HD12 BOND CE1 HE11 BOND CE1 HE12 BOND CZ HZ1 BOND CZ HZ2 BOND CE2 HE21 BOND CE2 HE22 BOND CD2 HD21 BOND CD2 HD22 IMPR N -C CA HN C CA +N O CMAP -C N CA C N CA C +N IC -C CA *N HN 1.3551 126.4900 180.0000 115.4200 0.9996 IC -C N CA C 1.3551 126.4900 180.0000 114.4400 1.5390 IC N CA C +N 1.4592 114.4400 180.0000 116.8400 1.3558 IC +N CA *C O 1.3558 116.8400 180.0000 122.5200 1.2297 IC CA C +N +CA 1.5390 116.8400 180.0000 126.7700 1.4613 IC N C *CA CB 1.4592 114.4400 123.2300 111.0900 1.5461 IC N C *CA HA 1.4592 114.4400 -120.4500 106.3900 1.0840 IC N CA CB CG 1.46 110.86 -61.98 115.66 1.55 IC N CA CB HB1 1.46 110.86 175.82 109.71 1.11 IC N CA CB HB2 1.46 110.86 63.14 109.40 1.11 IC CA CB CG CD1 1.55 115.66 -57.69 111.56 1.56 IC CA CB CG CD2 1.55 115.66 67.09 111.60 1.56 IC CA CB CG HG 1.55 115.66 -175.32 107.47 1.09 IC CG CD1 CE1 CZ 1.56 112.02 -54.29 111.85 1.55 IC CG CD1 CE1 HE11 1.56 112.02 -174.64 108.90 1.09 IC CG CD1 CE1 HE12 1.56 112.02 66.47 109.07 1.09 IC CG CD2 CE2 HE21 1.56 112.07 174.53 108.85 1.09 IC CG CD2 CE2 HE22 1.56 112.07 -66.59 109.08 1.09 IC CD1 CG CD2 CE2 1.56 110.98 -53.65 112.07 1.55 IC CD1 CG CD2 HD21 1.56 110.98 66.74 108.79 1.09 IC CD1 CG CD2 HD22 1.56 110.98 -174.46 109.04 1.09 IC CD1 CE1 CZ HZ1 1.55 111.85 174.41 108.91 1.09 IC CD1 CE1 CZ HZ2 1.55 111.85 -66.55 109.11 1.09 IC CZ CE1 CD1 HD11 1.55 111.85 -174.64 108.83 1.09 IC CZ CE1 CD1 HD12 1.55 111.85 66.49 109.05 1.09 IC CB N *CA C 0.00 0.00 120.00 0.00 0.00 IC CG CA *CB HB1 0.00 0.00 120.00 0.00 0.00 IC CG CA *CB HB2 0.00 0.00 -120.00 0.00 0.00 IC CD2 CB *CG CD1 0.00 0.00 120.00 0.00 0.00 IC CD1 CB *CG HG 0.00 0.00 -120.00 0.00 0.00 IC CE1 CG *CD1 HD11 0.00 0.00 120.00 0.00 0.00 IC CE1 CG *CD1 HD12 0.00 0.00 -120.00 0.00 0.00 IC CZ CD1 *CE1 HE11 0.00 0.00 120.00 0.00 0.00 IC CZ CD1 *CE1 HE12 0.00 0.00 -120.00 0.00 0.00 IC CE2 CG *CD2 HD21 0.00 0.00 120.00 0.00 0.00 IC CE2 CG *CD2 HD22 0.00 0.00 -120.00 0.00 0.00 IC CE2 CE1 *CZ HZ1 0.00 0.00 120.00 0.00 0.00 IC CE2 CE1 *CZ HZ2 0.00 0.00 -120.00 0.00 0.00 IC CZ CD2 *CE2 HE21 0.00 0.00 120.00 0.00 0.00 IC CZ CD2 *CE2 HE22 0.00 0.00 -120.00 0.00 0.00