! When using this topology, make sure you've included the required parameters ! (see http://swisssidechain.ch/MD/charmm.html) RESI SEP2 -2.00 ! phosphoserine (charge: -2) GROUP ATOM N NH1 -0.4700 ATOM HN H 0.3100 ATOM CA CT1 0.0700 ATOM HA HB 0.0900 GROUP ATOM CB CT2 0.10 ATOM HB1 HA 0.09 ATOM HB2 HA 0.09 ATOM OG OCC -0.55 ATOM P PO4 1.36 ATOM O1P OC -1.03 ATOM O2P OC -1.03 ATOM O3P OC -1.03 GROUP ATOM C C 0.5100 ATOM O O -0.5100 BOND CB CA N HN N CA C CA C +N CA HA DOUBLE O C BOND HB1 CB BOND HB2 CB BOND OG CB BOND P O1P BOND P O2P BOND P O3P BOND P OG IMPR N -C CA HN C CA +N O CMAP -C N CA C N CA C +N IC -C CA *N HN 1.3551 126.4900 180.0000 115.4200 0.9996 IC -C N CA C 1.3551 126.4900 180.0000 114.4400 1.5390 IC N CA C +N 1.4592 114.4400 180.0000 116.8400 1.3558 IC +N CA *C O 1.3558 116.8400 180.0000 122.5200 1.2297 IC CA C +N +CA 1.5390 116.8400 180.0000 126.7700 1.4613 IC N C *CA CB 1.4592 114.4400 123.2300 111.0900 1.5461 IC N C *CA HA 1.4592 114.4400 -120.4500 106.3900 1.0840 IC N CA CB OG 1.47 109.42 -60.12 109.55 1.43 IC N CA CB HB1 1.47 109.42 60.02 109.60 1.09 IC N CA CB HB2 1.47 109.42 179.98 109.39 1.09 IC CA CB OG P 1.53 109.55 -179.95 106.86 1.61 IC CB OG P O1P 1.43 106.86 60.06 109.47 1.48 IC CB OG P O2P 1.43 106.86 -179.90 109.53 1.61 IC CB OG P O3P 1.43 106.86 -59.93 109.48 1.61 IC CB N *CA C 0.00 0.00 120.00 0.00 0.00 IC OG CA *CB HB1 0.00 0.00 120.00 0.00 0.00 IC HB1 CA *CB HB2 0.00 0.00 -120.00 0.00 0.00 IC O1P OG *P O2P 0.00 0.00 120.00 0.00 0.00 IC O1P OG *P O3P 0.00 0.00 -120.00 0.00 0.00